Agile2Robust

Reflect라는 프로그램이 있다. 웹 페이지 안에 있는 단백질 혹은 small molecule의 이름에 자동으로 링크를 걸어주는 파이어폭스용 플러그인이다. String과 Stitch 데이터베이스 안에 들어있는 항목들에 대해서 링크를 걸어주는 것이다.

이 프로그램은 European Molecular Biology Laboratory에서 개발이 되었으며 Elsevier Grand Challenge에서 1등을 차지함으로서 $35,000의 상금을 얻은 프로젝트가 되었다.

말보다는 한 장의 스크린샷이 도움이 될 터...

Reflect의 웹사이트 모습이다. 아주 간단하다. 다운로드 링크와 About 페이지 정도가 전부. 현재는 파이어폭스만을 지원하고 있다. 아마 앞으로도 다른 브라우저를 지원하는 것은 쉽지 않을 듯.

이 추가 기능을 추가하면 툴바에 Reflect 버튼이 생긴다. 이 버튼 역시 기능은 간단하다.

사실 Preference 메뉴에서는 특정 organism을 선택할 수 있는 기능이 전부이다. 보통은 특별히 연구 목적이 있지는 않은 한 초기 설정을 바꿀 필요는 없을 것이다.

Reflect를 설치한 후 firefox에서 Wikipedia의 Lipitor 페이지로 이동한 후 reflect 버튼을 눌렀을 때의 화면이다. 약 이름 혹은 단백질 이름에 (검색 결과와 같은) 하이라이트를 보여준다. 이런 방식으로 브라우저에서 보이는 모든 약 이름과 단백질 이름을, 정보를 담고 있는 링크로 바꾸어준다.

그리고 이 링크를 클릭하면 자그마한 창이 뜨면서 해당 내용과 관련된 정보를 보여준다. 해당 창에 어떤 내용이 보이는지에 대해서는 Reflect 도움말 페이지에서 볼 수 있다. 이 페이지에서는 아래와 같은 내용을 볼 수 있을 것이다.

과학에 있어 링크가 얼마나 중요한 것이던가. 이런 움직임들이 계속해서 보여진다는 것은 과학계가 얼마나 소통에 목마른가를 보여주는 것이 아닐 수 없다.

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루비는 매우 우아한 언어이다.

 3.times {print "Hello Ruby"}

위의 코드는 “Hello Ruby”라는 문자열을 세 번 출력해 준다. 이 정도 되면 루비는 사람의 마음을 잘 이해하고 있다고 해야 할 것이다. 그래서 나는 루비를 배웠고, 그걸 잘 써먹고 있다.

Zinc에서 화합물 데이터베이스 파일을 전부 다운로드받아야 하는 일이 생겼다. 단순하게 0부터 순서대로 160여개의 파일이 있는데, 개당 약 30메가 정도의 크기이고 그걸 다 다운받으면 되는 일이다. 어플리케이션으로 한다면 다운로드 매니저를 쓰면 되고, 유닉스 스타일로 한다면 curl이나 wget으로 간단하게 해결되는 일이지만, 루비로 이 일을 해 보기로 했다. 기본적으로는 웹에서 파일을 다운받는 것이니만큼 net/http 기능을 사용해서 하는 것으로 생각을 했다. 그런데 이게 생각보다 코드가 예쁘지 않고 직관적이지도 않은게 좀 마음에 들지 않는 것이다. 누군가는 분명 이런 문제에 대해 답을 가지고 있을 것이라는 생각으로 검색을 좀 해 봤고, 결국 Rio라는 프로그램을 찾을 수 있었다.

위에서 이야기한 Zinc에서 다운받기는 아래와 같은 12줄짜리 스크립트로 해결할 수 있었다.

require 'rubygems'
require 'rio'

def get_sdfgz(url, res)
    rio(url) > rio(res) #url의 파일을 res 파일로 저장
end

for number in 0..165
    name = "http://zinc.docking.org/subset1/6/6_p0" + number.to_s + ".sdf.gz"
    res = number.to_s + ".sdf.gz"
    get_sdfgz(name, res)
end

특히 다섯번째 줄의 rio(url) > rio(res) 같은 경우에는 정말 아름답지 않은가! 이런 코드로 일을 할 수 있다는건 참 행복이 아닐 수 없다.

알고보니 Rio의 기능은 이 정도에서 끝나는 것이 아니었다. 다음과 같은 예도 가능하다.

rio('dir').files(*.jpg) { |jpg| ... } # dir 디렉토리에 있는 모든 jpg 파일에 대해 작업
rio('dir').files['*.txt'] # dir 디렉토리에 있는 모든 txt 파일의 array
rio('a.txt') > string # a.txt 파일의 내용을 string 변수에 복사
rio('file').lines[0..3,/re/] # file의 처음 세 줄에 대해 정규표현식을 적용
rio('ftp://host/file.gz').gzip.lines[0,3..5] # file.gz의 압축을 푼 후, 0, 3-5 라인을 array에 넣음
ans = rio(?-).print("Input: ").chomp.gets # 사용자 입력을 받아 ans에 돌려줌

위의 예제 정도면 rio가 얼마나 일을 편하게 만들어주는지를 알 수 있을 것이다. 더 많은 예제와 사용법을 원하신다면 홈페이지를 방문해 보시길. 단순한 것이 아름답다는 것을 느끼게 될 것이다.

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제목 : 대학생을 위한 과학 통계 및 워크플로우 엔진 활용

일시 : 2008년 1월 7~9일

장소 : 연세대학교 공학원 B118호 교육장

수강신청 링크

수강료 : 연세대학교 학생 무료, 대학(원)생 30만원, 국공립 연구소 40만원, 회사 50만원

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